日治時期於今秀林鄉三棧部落建有三棧祠，昭和9年(1934)4月6日的《臺灣日日新報》曾有一則卡烏灣社頭目向研海支廳提出建立神社的申請之報導，其中提到鄰近的武士林社、埃卡托山社、三棧等社皆有各自的守護神社，可間接得知三棧祠於昭和9年(1934)4月6日以前鎮座，三棧祠位於三棧社區入口處旁一帶，在社區路口處一帶立有一面社區導覽圖，圖上記載著這座神社的現址與過去的歷史介紹，不過介紹文中講到：聚會所是以前日治時期日本人曾建蓋的一座神社，用來祭拜那些為日本軍奮戰而死的日本勇士。另外在介紹文中也記載了三棧祠在民國96年(2007)11月左右，在「重點部落計畫」的營造下，已成功的將聚會所利用傳統太魯閣族人的工法，完美的呈現最傳統最具創意的觀光景點。而在這之前，三棧部落曾為花防部630旅步五營步三連駐紮於此，直到民國88年(1999)才裁撤。
目前三棧祠除了階梯與涼亭前方的階梯與涼亭底部疑似三棧祠的本殿基壇與參拜階梯外，已不見鳥居、石燈籠等殘跡。