武士林祠建於花蓮港廳花蓮郡蕃地busurin(武士林社)，大正13年(1924)10月23日鎮座，神社原建立於部落南側一帶，後因為神社木構造不敵臺灣潮溼及白蟻侵襲，於是在部落西北側山麓一帶建造新祠，並於昭和12年(1937)11月10日舉行遷座式。有關祭神及例祭日並無記載。

第一代武士林祠位於今日秀林鄉秀林公墓對面的山蘇園裡，仍可見本殿基壇土堆。而第二代武士林祠位於秀林鄉公所後方山麓一帶，武士林祠已見不到鳥居殘跡，廣場面對正殿（本殿）的方向，可以見到石階參道、三道石砌駁坎與兩對石燈籠，其配置為：二十二階石階、平台、十三階石階、正殿。正殿位置視野相當好，背山面海，可以遠眺太平洋。並留有四座石燈籠，正殿上有棄置的漢式燭台與銅鈸，顯示在戰後曾有人利用此地進行某種漢式的宗教活動。
民國97年(2008)左右，秀林國小同學在老師的指導下針對學校後方的武士林祠進行了一次小研究，並參加競賽，可惜此網站已蒐尋不到，當時網頁中仍可見當時神社拜殿與手洗缽等建築，可惜毀於民國95年(2006)前後的風災。同年9月，宗教團體欲在武士林祠拜殿舊址廣場上興建─「太魯閣彌勒寺」，隔年7月踏查時，神社廣場四周築起了鐵圍籬，從鐵圍籬上的施工告示牌中知道這座寺廟計畫一年時間興建完成，不過民國100年(2011)12月30再次踏查時，這似乎剛辦完了動土儀式，民國101年(2012)底踏查，鐵圍籬已拆除躺在一旁，而原本動土儀式使用的器具也零散於廣場上。2019年8月再次前往田調，現今神社原拜殿廣場處，搭建了兩棟鋼骨結構之房舍，目前也處於停工狀態。