明治30年(1897)1月11日，第二探險隊由深堀安一郎大尉等一行15人從臺北出發，原本計劃經埔里、霧社入中央山脈再到花蓮港，卻在途中失蹤，後來才發現他們在奇萊溪上游遭到霧社原住民殺害，為了感念其英勇殉職，特別於木瓜溪畔建「深堀神社」以為紀念，神社於昭和7年(1932)2月31日舉行鎮座式。
深堀神社毀於日治末期的一場風災引發的洪水，而位於木瓜溪旁的深堀神社基礎被沖垮而毀損，現今已無一絲深堀神社所留下來的殘跡。
而原本奉祀於神社旁的一尊不動明王與石刻釋迦牟尼佛則被保存了下來。目前昔日神社的舊址一帶，改建一座宏偉的廟宇─西寧寺，原西寧寺主祀釋迦牟尼佛，側祀不動明王等神尊，後隨著原管理人鄭石松先生的辭世，西寧寺逐漸乏人經營管理，鄭家後世子孫，於民國100年(2011)委託「中華三清弘道學會」進駐管理， 而主祀神明也由原本的釋迦牟尼佛改為三清道祖。而原本由近藤勝三郎按深堀安一郎身上所發現的不動明王掛軸請富世岡部落原住民工匠雕塑之不動明王塑像在民國35年(1946)因緣際會之下，被請至豐田碧蓮寺安奉於右側殿。