大港口祠位於花蓮港廳鳳林郡新社庄大港口，大港口祠於昭和12年(1937)10月鎮座，社格為社，祭神為開拓三神、北白川宮能久親王，例祭日則未被記載。
大港口祠戰後仍保存相當完好的樣貌，但因為部落居民改信宗教，所以神社這一區域鮮少有人前來及專人管理，而神社木造建築毀於民國40年(1951)左右的風災。之後，神社土地則變更為私有土地，在民國77年(1988)轉手，最後在民國92年(2003)8月再由原地主轉賣予今地主，並規劃改建「玄靈聖山玄聖堂」。根據黃淳誠師父的回憶：當初買下該土地時，神社的雜草、雜木比人還高，原登山階梯皆被倒下的竹木遮掩住，根本看不到可踏步的地方，亦無路可登上現有的位址，石燈籠大部分斷裂且散布於地面上，當時大港口祠的本殿，似乎已經被前地主改建，原址處還有當時留下的水泥柱。
黃淳誠師父知道鳥居及石燈籠等皆為當時神社的遺蹟，於是便將這些遺蹟妥善的保存下來。目前大港口祠仍保存昔日參拜階梯、鳥居一座、完整石燈籠2對、半毀石燈籠2對及一座手洗缽，神社原本殿位置一帶已改建為廟宇等建築，已不見神社建築樣貌，而原本從神社前方的大港口部落通往神社之間的參拜道，因為臺11線公路的擴寬工程，將路基加高後，也走入歷史。