花蓮木瓜林區管理處擁有遼闊的優良林木，為台灣高級檜木的主要產地，每年生產木材盈餘在一億五千萬以上。該處今後經營目標將依下列五點實施：（一）實施立霧溪、木瓜溪、支亞干溪、萬里溪各集水區經營單元，配合沿山防洪設施，培養水源。（二）防止森林災害，增進水土保持，以期減少水災、旱災。（三）培育優良樹種，推廣造林。（四）推行探伐作業機械化，改進作業技術，提高木材品質。（五）加強鯉魚潭、太魯閣、天祥、碧綠、大禹嶺等天然景色之維護，繁衍野生動物，發展森林遊樂事業。