昭和11年(1936)，臺灣總督府交通局鐵道部核准明治製糖株式會社溪湖工場鋪設萬合專用線，此線起迄點皆為二林庄內，昭和12年(1937)完工後，全長共5.1公里。萬合線兩端分別銜接同為溪湖工場的王功線與萬興線，主要經過大排沙農場、萬合農場及萬興農場，用來做為運送製糖原料的專用道。而「旗站」則是指糖鐵路線要分歧的所在。隨著中科四期的開發，與週遭環境的劇烈改變，位於二林鎮境內的萬合線糖鐵軌道如今猶可見，但分歧旗站建築體卻已藏身於一片荒煙雜草中（圖中左側）。

    彰化溪湖糖廠的前身是地方仕紳辜顯榮家族投資設立的大和株式會社，成立於大正8年(1919)，大正9年(1920)併入明治製糖株式會社。戰後改由政府接管，後交由臺灣糖業股份有限公司管理，於2002年結束製糖業務，轉型為觀光園區。

    糖業鐵道又可分為營業線及專用線，營業線提供一般客貨運的服務，專用線則只提供製糖會社載運社用貨物之用，普遍又以甘蔗原料為主。日治時期明治製糖株式會社在濁水溪北岸的糖業鐵道專用線有6條，分別為：大排沙線（1918完工，4.0公里）、牛稠子線（1918年完工，9.2公里）、王功線（1924年完工，24.7公里）、萬興線（1930年完工，13.3公里）、漢寶線（1935年完工，8.8公里）、萬合線（1937年完工，5.1公里）。

    1965年強颱瑪麗來襲，溪湖糖廠遭水災淹沒，轄下王功線複線鐵橋遭沖毀150餘公尺，其他各線路鐵道損壞嚴重，大排沙、溪州、萬合、萬興等農場均淹沒於汪洋之中。2002年3月溪湖糖廠關閉後，各專用線如大排沙線等均在同天停駛。隨著雲林、彰化陸續設立工業區後，閒置的鐵道仍避免不了遭遇拆除，如：2008年設立的二林中部科工業園區，範圍包括大排沙農場及萬興農場，為使工業區規劃順利，拆除大排沙線部分，至2015年止，濁水溪北岸僅保留二林線路口厝至溪州段、萬興線及萬合線部分、王功線溪湖糖廠至大排沙農場段。