法軍佔領基隆後，由於風土病肆虐、港灣條掭的限制等因素，希望另闢一足以控制臺灣及清帝國南北海上交通的重要補給據點，因此 於1885年 3月28日時，法軍統領孤拔將軍於是率領 Bayard艦等7艘船艦，由南臺灣出發，向澎湖進擊。至同年 3月29日至31日間，法軍在孤拔的Bayard旗艦(具有825馬力、12門艦炮、配置520名船員)指揮下，炮擊馬公港及各處炮臺，清軍無法抵禦，法軍兵分三路，相互掩護向內陸前進，在大炮與艦炮支援下，攻破清軍防線，佔領澎湖全島，清軍由北山赤崁一帶搭漁船撤離。此戰役法軍之死亡人數達 900餘人，其最高指揮官孤拔海軍中將也因赤痢與霍亂，在同年1885年初夏6月11日死於澎湖。