大天后宮原係明寧靖王朱術桂在臺定居的府邸「一元子園亭」，創建於明永曆18年（1664），歷史久遠。清康熙22年（1683）施琅攻打臺灣之際，朱術桂義不降清，在此自縊殉國，並捨宅予郡城原有之天妃宮。清康熙二十三年（1684年）靖海侯施琅以媽祖庇護平臺有功，上奏御封媽祖由「天妃」昇格「天后」，而成為臺灣最早官建、官祀媽祖廟，稱「大天后宮」彰顯其崇高地位。

清乾隆43年（1778）臺灣知府蔣元樞重修大天后宮，「郡城西定坊之天后宮，未入版圖以前，即已建造。郡垣廟宇，此為最久。天后福庇海洋，靈越百神；我朝征勦「鄭逆」，天戈所指，靈潮突長，舟師得以穩抵郡城，無虞險阻。迄今百餘年來，此邦士庶暨往來海道士宦商民，無不仰戴神庥。神之覆育斯民，功德最鉅。春秋列於祀典，將享虔肅。舊時廟制：前為頭門，門外有臺以為演獻之所；門內兩廊咸具。中為大殿，供奉神像。其後正屋二進，雜祀諸神。廟之右畔，有屋三進為官廳；周以墻垣：規模制度，頗稱宏敞。特以歲久缺修，將就傾圮。元樞蒞臺後，一切有關政典鉅工既已次第興舉，因首捐廉俸並勸紳士之樂善者，選工飭材，重加修整：棟桷之朽壞者易之，丹粉之陳暗者塗之。現在廟貌巍然，呈輝煥彩；將見靈爽益昭，環海之永叨神庇正無既極也已。」

「龍目井」即位在天后宮右畔官廳二進與三進之間，日治時期官廳已廢，漸為民眾占住。民國53年（1964）龍目井曾淘清井底淤泥，一度水乾。至民國56年（1967）9月又突然泉湧，大天后宮管理委員會收回官廳被占民屋，改建為香客室。

相傳寧靖王府一共有三口井，「龍目井」代表螃蟹的眼睛，為風水中的左右眼，一口在觀音殿後的天井，另外一口則在廟左民宅廚房內，屋主在水井口裝設流理臺，已難窺「龍目」。「八角井」則是嘴巴，正殿媽的神像即安座在上面，在地理風水角度來說，像是一種螃蟹的穴地。

龍目井多年來活水依然汨汨不斷，每年端午節總有許多民眾來汲取午時水。