文龍宮位於哈瑪星第二船渠與濱海一路之間的巷弄內，即原魚市場東方。此處在日治時期原為第一碼頭區(濱線碼頭)，建有倉庫及鐵路，後因湊町（鼓山）漁港與魚市場人力需求，吸引大量移民前來，其中文龍宮附近住戶，多為臺南安平人，有「小安平」之稱。

1949 年，軍用船「眾利輪」在十號碼頭卸除軍用物資時發生爆炸，碼頭沉陷，附近倉庫和港灣設備也遭受波及，當時死傷慘重，唯有懸掛李府天王旗號的船隻逃過一劫。為感念其保佑，安平人於1951年奉迎海頭社文朱殿的范府千歲、朱府千歲和李天王等，9月創建文龍宮。文龍宮初建的建築為木造結構的，主要信徒以安平人為主，另有漁船船員，香火頗為鼎盛。1976 年 10 月，以安平人張茂生、林治世、魏萬得、楊尾吉等，重建磚造新廟，坐西朝東。

文龍宮以歪頭的朱府千歲最為奇特，根據廟方表示，老ㄧ輩的說法是神明托夢給雕刻師，要求刻轉頭的姿態。