中華民國全國教師會（簡稱全教會）於2009年5月13日以九八全教教字第九八二九三號函發文教育部（教研會、國教司、試辦教師專業發展評鑑推動工作小組）及教中辦。說明大略為，一、教中辦辦理申辦審查作業有時程緊迫、流於形式之問題，並與教育部所定之「評鑑實施要點」有所出入。二、4月29日複審會議審查時間過短，學校資料準備不齊形同書面初審準備，審查原則無法落實且有違教育部原「評鑑要點第七點第一項之規定」。三、前項複審會議，爲尊重與會委員之參與，承辦業務單位應將相關會議紀錄與複審結果，以公文副知與會委員。四、因上述問題，本案之目的「協助教師專業成長，增進教師專業素養，提升教學品質」受到干擾，可能導致無法達成，全教會表達遺憾。請教育部針對今年辦理疏漏之處，檢討相關問題以為後續辦理改進。