中華民國全國教師會（簡稱全教會）2009年3月4日98全教教字第98106號函，針對臺南市及臺北縣政府教育局關於教師專業發展評鑑業務之反映意見，教育部於同年月20日台國(四)字第0980037919號函回復。說明大略為，教育部2009年2月6日修訂發布「教育部補助辦理教師專業發展評鑑實施要點」將本計畫自試辦性質調整為常態性計畫，但仍採逐年擴大辦理規模方式。縣市政府於推動本項計畫時，需確實依據該要點第5點第1款「自願辦理」及須經校務會議同意等原則辦理，教育部至今還沒有律定各縣市推動校數之比率，教育部部2006年推動本計畫開始，即明確要求申辦參與本計畫之學校，必須依據本計畫各項規定辦理。有關縣市針對未參與本計畫之學校之各項計畫，還是屬於地方政府主管的權責。