慈惠院屬社會救濟事業之一環。嘉義慈惠院成立於1906年（明治39年）10月，其前身為嘉義育嬰堂，旨在收容棄嬰，救養貧困兒童。日治時期將救養對象擴及一般民眾，如有傷殘、疾病、老弱、聾啞等無力自養者，給予救濟。

嘉義慈惠院救濟區域初為嘉義、斗六、鹽水廳，1922年（大正11年）隨著行政區制調整，擴大到臺南州的六個郡，包括嘉義、新營、東石、北港、斗六、虎尾等郡。昭和年間增設巡迴醫療及附設多處診療所。

台灣戰後初期，改組成立嘉義救濟院，是嘉義地區歷史最優久的社會救濟機構。