總督府嘉義醫院為衛生福利部嘉義醫院前身，1895年（明治28年）11月在嘉義支廳門外設臺南縣嘉義支廳診所，翌年建院舍於三角窗街，1897年（明治30年）更名為嘉義縣嘉義醫院，1906年（明治39年）因大地震，院舍損毁無法修復，而遷建於同樣於地震中倒塌的孔廟舊址，即今嘉義醫院之舊院址。

1999年（民國88年）更名為行政院衛生署嘉義醫院，2001年（民國90年）遷至北港路院區，2013年（民國102年）更名為衛生福利部嘉義醫院。