全國教師會於2007年4月18日新聞稿【嚴正呼籲台北市教育局吳清基局長堅持專業，切莫任意以政治手段扣帽子】，指出報載吳清基局長面對一綱多本問題不思專業對話，竟以莫須有、無憑無據的粗暴手段，指稱全教會被人本教育基金會誤導。全教會表達最嚴正的抗議，要求吳局長應立即致歉，如係吳局長個人臆測更應公開說明與澄清。 全教會認為吳局長七年前是曾志朗部長任命的第一任「九年一貫課程推動工作小組」召集人，一綱多本就是該小組的堅持。對於教育人員該有的堅持應有別於其他非專業人員，特別是面對政治思維的行政干擾，更應堅持教育人的專業，以專業角度好好為政策說明、辯護，而不是扣教師會「被教改團體誤導」的帽子。 另外，對於一綱多本或一綱一本之爭議，全教會希望台北市政府教育局還是要回到：一、一綱多本的教育理念錯在哪？為何要改？二、一綱一本是否確實可以解決家長恐慌或疏緩學生課業壓力？三、教育基本法對中央和地方教育權限的區分，可以援用支持台北市政府意見的法令為何？好好論述及彼此說服。