全國教師會於2006年12月31日提出「有關「北北基」試圖「自辦基測」之影響」，從法律面指出其違反職業學校法第4條第2項、高級中等學校多元入學招生辦法第3條，對於北北基區域內的高職及「國立高中」，是不能參採自辦基測的成績作為入學依據，僅剩台北市各市立高中及北基各完全中學適用自辦基測。 全教會指出對學生學習之影響，北北基自辦基測對其他區域學生要到北北基就學的學生是不利的，而這種不利有相當多的因素是來自於教育資源的城鄉差距。另外，台北市主導北北基的自辦基測，命題取材和難度能不能放棄台北市的本位思考，以北北基內全區學生的平均程度來命題，不無疑慮。如果以北北基內學生平均程度來命題，勢必降低鑑別度，這些明星高中能接受嗎？ 對選擇教科書的影響挑戰是教科書的難度和學份量，會加深城鄉差距帶來的學習落差，帶來更大的學習痛苦，或者降低自辦基測的鑑別度。