全國教師會於2006年8月29日發出新聞稿【請教育部以身作則，遵守九年一貫課程學校自主發展課程之精神】，指出國中小九年一貫課程從準備到推動，目前至少也有６至８年，只要符合「九年一貫課程綱要」的實施要點，校外任何單位都不能任意以強制的方式要求學校上什麼課。 但是，教育部和教育局任意要求國中小上某些課早已開過惡例，從九年一貫課程初期，用公文要求各校要開電腦課，以及很多要求「融入各領域課程」的課，包括「環境教育」、「性別平等教育」、「性侵害防治教育」、「家庭教育」、「新住民文化教育」、「學校共讀計畫」、「健康札根教育」、「鄉土教育」…等。 雖然九年一貫課程強調學校自主的課程發展，教育主管機關仍可適度引導課程發展走向。但全教會指出有幾個原則應該以身作則遵守： 一、希望學校上某種課程，應該要在每年暑假或寒假開始前，以便學校及早規畫納入學校課程。 二、應該以鼓勵的方式（經費、教材、專長人力的支援或訓練…等），並有相應的配套措施，不應強制各校接受。 三、應該考量學生的學習量，重視學習效果，檢視是否是義務教育階段必要的學習內容，不要想包山包海。