全國教師會於2006年7月17日對教育部委託師大教研中心及李坤崇教授等人所擬定「中小學一貫課程體系指引」發出聲明稿，指出由於研究時間短促，研究過程也未能與社會充分互動，淪入「閉門造車」的產品。加上教育部又未能擬定詳細的配套措施，及評估是否有經費可以執行，若貿然定案實施，將造成高中職專三以下學校之大災難。 因此全教會表達明確立場如下： 一、教育部本次研究案作為日後相關研究之參考，但『不應定案為具有指導性質的「參考架構」』。 二、為使社會各界了解課程改革關係全民未來，並為了謹慎研擬這一份影響深遠的文件，本會建議，應重啟「社會交叉討論機制」，透過各種領域的交叉討論，建立共識。此一過程應為一個中長期的研究，以作為擬定中小學課程體系之基礎。 三、任何課程改革都應「訂定配套措施並詳細評估經費」，「公告明確落實時程」，並「逐年檢查進度」，整套計畫整體性地實施，反對「能做的先做」「部分實施」，以避免國中小九年一貫課程的亂象歷史重演。 四、法源依據有待釐清：本課程體系指引沒有明確的法源依據，卻要「指引」具有法源依據的「課程綱要」（國民教育法第8條及高級中法第8條、職業學校法第8條課程標準），其法律效力及必要性令人懷疑。