洲仔濕地就如同高雄市中的綠洲，生態的多樣性在臺灣溼地保護聯盟的努力之下，近年來慢慢有越來越豐富的趨勢。為了保持這樣豐富的生態，就必須減少參觀遊客對水鳥及生態系的干擾，臺灣溼地保護聯盟的專職夥伴與志工們，在洲仔濕地當中運用許多方式來將干擾降到最低，如：限制遊客進入園區的時間；規劃遊客能夠進入的場域；使用自然生態圍籬的方式讓遊客隔著圍籬賞鳥；設置瞭望塔及固定式望遠鏡等等措施。
洲仔濕地園方特別提供幾支高倍望遠鏡於園區當中，提醒遊客充分與鳥類保持適當的距離。除此之外，不能隨意餵食或播放鳥的聲音；或追逐、驚嚇鳥類；更不可以為了觀察方便而攀折修剪園區中的枝條或花木，以免影響水鳥的作息或生殖，造成繁殖失敗，而使艱難的復育工作更加艱辛。