1883年林文鳳續建第二落正身與護龍；之後林文欽再接續建築第三落正身與護龍，即後樓的部分，採背側土埆壁、正面出步起的雙層閣樓( 所謂的太子樓) 作法。二樓上有八卦樓井，因此屋頂上天窗的光線可以透過這個精雕細鏤的樓井照下來，有如舞台上的神秘光線，非常動人。在二樓右側房間有木梯到樓上。事實上，樓閣的藻井除了採光、儲藏功能外，尚有消暑功能，因為有了樓閣就好像築了兩重屋頂，在炎熱夏天就會保持非常清爽，
小閣樓在二二八事件時，嚴家淦曾躲藏於此。二二八事件發生時，嚴家淦正巧在日月潭遊覽，但因公路不通無法回去，而到霧峰林家求援。嚴家淦等人到林家時，林獻堂不在家，由楊水心夫人予以收留，但消息為家僕洩漏，以致住家遭群眾包圍與破壞。遲至3月9日，嚴家淦得知援軍已至台灣，急欲返回台北，請林獻堂協助，林獻堂雇用一貨車協助嚴家淦於3月15日平安歸抵台北。事後嚴家淦始終將此事謹記在心，並深表感激。