為保障學生基本權益及教師專業自主權，教育基本法第15條明訂：「政府應依法令提供當事人或其法定代理人有效及公平救濟之管道。」但依目前教育法制，學生申訴制度不僅顯得紊亂，也影響學生進行再申訴的權利，嚴重侵害學生基本權益，值得關注。
全教總表示，目前高中以下學校學生申訴制度面臨兩個問題，須儘速處理：
一、中小學法制不一
國民教育法第20-1條明訂，國中小學生應該有申訴與再申訴的救濟措施。但高級中等教育法第54條並無「再申訴」的規定，全教總建議，為符教育基本法保障學生基本權益之意旨，高級中等教育法應進一步修正，以維護中學生的再申訴權益。
二、主管機關未與時俱進修訂行政規則
國民教育法於2011年11月修法，明訂「不服學校申訴決定，得向學校所在地之直轄市、縣（市）主管機關提出再申訴。」但各主管機關（教育部國教署、部分直轄市、縣市政府）並未依國教法修法設置再申訴機制。