行政院賴清德院長2017年上任後宣布軍公教調薪3%，當公教調薪後的薪津陸續入帳後，全國教師工會總聯合會（全教總）即發現除了教授的學術研究加給達到10%以外，其餘教師的學術研究加給均未達到3%。全教總發文要求說明，教育部回函指出：
一、依教師待遇條例，調薪方案由教育部擬定，報行政院核定。
二、教授學術研究加給調增10%是因為玉山計畫之故。
三、其餘教師之學術研究加給，係配合107 年全國軍公教員工通案待遇調整辦理。
依據教育部的回函，可見教育人員學術研究加給的調整問題：
一、教授先有玉山計畫，再來是調薪3%，但是調增結果還是玉山計畫的10%，等於賴院長宣布的3%不見了。
二、教育部的回函指稱這是「通案待遇調整」。倘若是通案調整，不是應該標準一致嗎？為何教師都不到3%？到底「通案」的標準或公式是什麼？
三、因學術研究加給不到3%之不足調整差額一年約為1億7千多萬，按照法律所要求的公平、公開原則，政府不僅要在教師調薪上做到公平，更應該公開說明調整的標準和原則。