一樣是正式職缺的代理教師，長期以來只領到十個月的薪水，是教育行政部門帶頭剝削教育受雇者。全國教師工會總聯合會（簡稱全教總）為維護代理教師應有權益，於2016年11月召開記者會要求代理教師人事費應該完整編列一年，教育部隨後召集各直轄市、縣市政府主管機關數次會議，並做成含括上、下學期聘期之代理教師，若因業務需要兼任行政職務者，朝支薪至隔年7月31日之方向規劃辦理等六項決議。全教總於2017年6月15日再次指出，聘請代理教師是因控管聘任專任教師，其人事費用原本即以應置專任員額數編列，但各地方政府在轉聘代理教師時，卻苛扣人事費用，不給足12個月完整之待遇。全教總也調查出，在國教署於2016年11月周知各國立學校應給予一學年長期代理教師的聘期後，各直轄市、縣市政府仍未給予完整聘期，嚴重影響代理教師基本權益。本學年即將結束，下一（2017）學年度代理教師的教甄與聘任作業也即將開始辦理，全教總再次要求各主管機關自下學年度起，給予長期代理教師完整聘期，並應修正各主管機關訂定之中小學兼任代課，及代理教師聘任辦法相關補充規定，取消聘期起迄不合理限制。全教總也將於2017學年度開學後，再次公佈各縣市代理教師聘任狀況。