國教院於2017年5月25日在台灣半數以上縣市進行中小學學力測驗，本測驗是從2010年起每年舉辦，但2017年多了一項問卷填答，內容包括主觀問題和課堂狀況的評論。由於問卷填答並未在事前告知，內容毫無頭緒，而填答者乃身心未臻成熟的中小學生，又是記名的問卷。問卷一發下，基層教師無不譁然。據國教院的說法，本問卷是探討教學與學習之間的關連，以提供教學建議，全國教師工會總聯合會（簡稱全教總）認為，教育研究院犯下研究上重大錯誤，提出教育學術研究倫理有五項，質疑國教院欠缺學術依據，及未來分析、報告的客觀性。也指出，過去的學力測驗結果就曾有濫用、誤用的情形，造成嚴重扭曲，干擾現場教學，懷疑這份問卷是否要用來評鑑教師。對國教院聲明問卷是提供教學建議，也舉出幾個問卷出現的問題，說明內容顯然不夠專業，全教總也質疑，此卷是否遭誤用，而影響學生的正常學習。最後，對國教院此種不尊重當事人意願，不保護隱私，可能傷害學童身心，違反誠信原則，又不專業的問卷調查，全教總要求，縣市政府應立刻將所有問卷集中銷毀，國教院應公開向社會大眾道歉。