台大自組調查小組，針對郭明良學術論文造假的調查報告，並沒有追究校長楊泮池的責任，理由是共同作者只針對自己貢獻的部分負責，論文以外的其他問題無須追究。東華大學教授王純娟的說法，校長楊泮池受調查期間拒絕停職，仍指揮處理校務，整個調查程序已經遭受「汙染」。南華大學教授周平認為，調查結果只能說明作為學者的楊泮池並未違反科學誠信，而無須受到懲處，卻不能因此證明作為校長的楊泮池是完全免責的，台大校長對於學術論文作假事件，所牽涉到的前因後果，必須負起責任。郭明良的研究團隊得以經營長達十年的造假文化，作為合作夥伴和團隊所屬大學的最高行政主管楊泮池是難辭其咎的。世新大學前校長賴鼎銘直言，造假案不只讓五年五百億打造的頂大蒙塵，社會對佔據鉅額經費的生醫學術研究產生不信任，更讓國外質疑台灣的學術誠信。衝擊如此深遠，作為事件源頭的台大校長，難道沒有行政責任？全國教師工會總聯合會理事長張旭政表示，作為學術界龍頭的台大校長更應該用最高的道德標準來自我要求，楊泮池用「故意造假」作為辭職標準，無視他是造假論文的「共同作者」，及他的論文被「撤銷」，更無視於他做為大學校長，具有「示範」的作用。