由於員額控管，代理教師比例居高不下，這些代理教師絕大部分都有合格的教師證書，也是盡心盡力的教育工作者，但待遇保障卻明顯不如正式教師。全國教師工會總聯合會（簡稱全教總）表示，代理教師所代理的是正式職缺，並非外加的員額，依照規定，這些正式職缺的人事費應該完整編列一年經費（含考績與年終獎金）。然而，長期以來現場的代理教師，領到的薪水卻只有十個月。更令人無法接受的是，代理教師還經常在聘期外被叫回學校工作。此外，代理教師在領取失業救濟金時也受到極大限制，嚴重侵害代理教師基本權益。明明連續好幾年都在學校服務，一到七月就失業無薪水，卻還要去學校工作，這不僅侵害勞動者權益，對代理教師更是一種勞力剝削。全教總理事長張旭政指出，縣市政府為了省錢，對於代理教師只給十個月的聘期，就是侵害代理教師權益的原因。全教總建議教育部在法律授權訂定的中小學兼任代課及代理教師聘任辦法中，明定代理教師聘期與待遇的權利事項，不應再授權各主管機關或私立學校，可以在補充規定中自行規定，衍生各種問題。全教總也要求縣市政府和學校，應發給代理教師一年聘期及完整薪資，還給代理教師應有的權益。