全教總指出吳茂昆接任國立東華大學校長後，公共工程弊端頻傳、構築金錢帝國－肥高層、瘦基層，繼2014年12月15日監察院公布「調查報告」，國立東華大學校長吳茂昆假藉職權溢領教師獎助金年達300萬之譜後，26 日，又通過彈劾案違法擔任中華映管公司的獨立董事職務長達四年的東華大學前主任秘書蔡裕源，若加上前任校長在任內實際經營商業，東華大學校務權貴「利」字為先的嘴臉逐一浮出檯面。讓人遺憾的，儘管東華大學校務弊端不斷，乃至一年不到連遭監察院糾正、彈劾，但教育部還是以「大學自治」為由，繼續加以包庇，已然成形的國立東華大學黑金帝國，教育部難辭其咎。
全教總指出教育部不但錯失 2008 年合校時改造全新東華的契機，如今又不斷如跳針般 地以「大學自治」為藉口，坐視國立東華大學高層黑心學閥掏空校務基金，終致東華大學前後任校長、主秘等高層權貴弊端叢生，儼然成為黑金帝國。全教總要求教育部組成專案小組徹查東華弊端，吳茂昆校長尤應請辭下台靜候調查，以維護全體東華大學師生權益，重拾台灣高教尊嚴。