全教總指出各界關注的高教議題，但台灣高等教育真正的危機是：學閥以大學自治為遮羞布，視法治如糞土，大學幫派化、學閥化利用黑箱作業踐踏學術自由與教師專業，更以白色恐怖打壓異己教師。國立東華大學三位教授(電機系教授鄭献勳、音樂系教授程緯華、諮商與臨床心理系教授王純娟) 為了捍衛學術自由與教師尊嚴，聯合控訴東華大學前後任校長(黃文樞、吳茂昆)，黑箱治校，操控教師聘任、升等、評鑑程序，並以白色恐怖打壓異己。
教育部不能坐視學閥黑箱治校，為挽救台灣高教，全教總建議：一、教育部應組成專案調查小組，調查黃文樞任內所有升等案（與提出申請重審案），以及前任校長黃文樞、現任校長吳茂昆之治校，有無懲處違法、製造白色恐怖情事？二、教育部應通盤檢討現行大學教師評鑑，徹底改變重研究、輕教學，甚至使教師疲於奔忙的評鑑制度，以維護學生受教權；三、教育部應檢討升等外審委員參考名單之選任制度，以及以升等作為教師續聘與否之唯一規定，勿使學閥有上下其手的操控空間。