全教總指出針對國教署署長吳清山有關「縣長圈選校長」符合現行國民教育法規定的說法，除有曲解法制之虞，也不同於吳署長曾經在2005年發表名為「大學校長遴選採一階段制」的文章理念，並要求國教署確實依法行政，停止官官相護。
全教總認為「縣長圈選校長」違反法治，主要有以下理由：1、縣長圈選校長將重蹈「地方官長干預」覆轍：為推動校園民主化，國民教育法於1999年修正第9條其修法目的係「為排除校長之任用受到地方官長干預之可能性，爰將第二項修正為國民中、小學校長，由直轄市或縣（市）主管教育行政機關組織遴用委員會遴用」（立法院公報第88卷第6 期院會紀錄第245 頁）；2、縣長圈選校長逾越法律授權：國民教育法第9 條第3 項規定，該條文並無行政機關首長得「擇聘」或「選聘」之授權，金門、苗栗二縣之規定與國民教育法規定之文義明顯不符並逾越該法律授權之範圍，尚有違憲之虞；3、自治條例牴觸法律者無效：雖苗栗縣政府制定校長遴選自治條例作為規範，若牴觸國民教育法仍為無效，當然亦無法主張依據該自治條例之規定而進行校長遴選程序即為合法。