全教總於2014年整理各縣市資料時，赫然發現，苗栗縣與金門縣的國中小校長遴選，竟然是由遴選委員會選出二至三名人選後再交由縣長圈選，這樣的設計，完全違背校長遴選精神。
全教總指出要討論校長遴選，必須先能正確理解「國民教育法」的修法背景，在中小學校長尚處於官派的年代，從而衍生關說、請託、賄賂、走後門等不法情事。為了回歸法治與教育專業，民國88年完成「國民教育法」修正，賦予校長遴選法源，這是教育法治與校園民主的重要一步。
各縣市校長遴選作業歸納起來，明顯有以下共同缺失：候用校長名額太少、同額遴選情形嚴重、檯面下交易普遍、刻意壓縮教師組織參與空間、校長回任教師偏低、有力人士左右遴選結果等、主管機關企圖主導校長遴選作業。這些問題也到了必須徹底檢討的時刻，全教總要求各主管機關正視校長遴選缺失，並且儘速完成修正。