隨著五都改選的逼近，四個升格或合併直轄市的政府組織變動更加白熱化，高中職不論是經費、組織員額編制及設備，都是直轄市立優於國立，而國立又優於縣(市)立，讓同一縣(市)的國立與縣(市)立學校家長及教職員有「大小漢差很多」的感慨，隔著一條淡水河，也讓北縣縣民這山望著那山高。全教會於2009年3月12日由洪秀柱、郭素春、吳育昇等三立委的協助，於立院群賢樓召開「台北縣12所國立高中職及特殊學校改隸縣立案」陳情座談會，呼籲政府「合理規劃並逐年提升縣市立學校的經費預算，使投資在中小學學生身上的每人每年預算金額達台北市立的水準後，再規劃國立學校的改隸。」全教會再次呼籲中央政府應專案研究「公立高級中等學校隸屬教育部或地方政府之優、缺點」，並主張應先提昇各縣市立高中職教育經費、設備、員額編制達到台北市立水準，不宜急於改隸國立學校；教育部應保證對各縣市國立高中職的改制，在經費的移撥、改隸的期程上應一致；未來規劃改隸時，教育部或各縣市政府教育局（處）召開相關會議，應邀請全國性、縣市級及學校等各級教師組織、家長團體等代表與會研議。