廟宇內部的牆面壁畫，會透過諧音或圖案寓意與歷史典故為題材，如鹿象徵福祿。

南竿金板境天后宮之壁畫，在2016年連江縣南竿鄉仁愛村金板境天后宮的歷史建築修復計畫前，神龕隔板上的海洋壁畫象徵馬祖島嶼的海洋文化，於修復後重新畫上螃蟹，代表蟹甲、金榜題名，另有軟絲、蝦，富有吉祥含意。以及修復後，於正殿兩側的壁畫為「漁樵耕讀」、「姜子牙釣魚故事」之歷史典故，勉勵與激勵人心之意。

並於修復過程中，媽祖神龕內的西側堵牆壁畫嚴重剝落，整理時發現在壁畫剝離層下，居然留有最早時期的壁畫，小心去除表層後，露出相當完整的水墨虎壁畫；鹿壁畫亦原立於媽祖神龕內的西側堵牆，為1981年間整修時所繪，風格為學院繪畫技法的表現。此兩幅壁畫為廟宇內重要、有意義之廟宇文物，現展於天后宮之西廂房。