南竿金板境天后宮建築以福州杉木為結構，建築物樑柱共22根。2016年廟宇大修，22根柱子，有14根因為蟲蛀、潮濕替換新柱。過去木作師傅在施工仍然保留木頭原來的形狀大小與頭尾狀態，進行結構性組合；整修時所使用的木頭都經過車床，頭尾直徑一樣大。因此現今在金板境天后宮觀察柱子，如下面根部大，上面尾部小為早期原木。這些木頭當時考量會裸露在外面，採取「披麻抓灰」公法，將麻捲起來一圈，塗上灰，以保護木頭本身。

並一般稱正殿的四根柱子為「四點睛」，撐起整座建築結構，因為木頭隨著時間腐朽，所以目前廟中的「四點睛」靠廟內的兩根為原木呈現上小下大，靠廟外的兩根風化，已被換新。內部空間的ㄇ字型8根柱皆是原木。並於正殿簷廊的兩側，柱跟柱之間製作做休息的小椅子，同時也是支撐柱子不產生搖晃，呈現閩東建築特色。