中華民國全國教師會依據各會員反映各地方政府在訂定校長遴選辦法時發生之重大爭議，整理歸納出五項問題，以中華民國八十八年五月七日 八八全教秘字第○○廿二號函請教育部，就以下問題逐一函釋：
（一）雖符合教育人員任用條例第四條第三款或第五條第四款、第五款國民中小學校長任用資格，但未經公開甄選儲訓合格，是否得被遴選為校長？
（二）現職校長依國民教育法施行細則第十四條規定，任期為四年，連任以兩次為限。八十八學年度現職校長如在該校任期未滿四年是否得參加遴選？又如任期已超過四年未滿第二任八年，或超過八年未滿第三任十二年，是否得被遴選為他校校長？
（三）直轄市或縣市政府是否得對已甄選、儲訓合格人員，要求須依實際校長退休離職出缺人數，依次候補參加遴選？
（四）直轄市教育局或縣市政府是否得限制其他縣市符合被遴選資格者不得參加該縣市校長之遴選？
（五）有關委員會應有「家長會」代表參與，其中「家長會」代表，直轄市教育局及縣市政府是否得自行指定人員代表家長會，或須由學校家長會選派？