教育部於95年1月20日台人（一）字第0950001474B號公告，預告修正「高級中學校長遴選聘任及任期考評辦法」部分修正條文，其中修正條文第八條第一項有關「﹍﹍但校長於最近三年內曾獲教育部核定頒發校長領導卓越獎，得視為辦學績效考評優良。」全國教師會認為校長領導卓越獎初選純以書面為準，複選也是以書面和報告為主，遇特殊情形才至學校實地訪察，效果令人質疑。而校長辦學績效考評重視到學校實察，且與學校教師、學生、家長面談，讓學校基層人員有反應機會；校長領導卓越獎學校人員則無此機會。
教育部針對「高級中學校長遴選聘任及任期考評辦法」部分修正條文於94年11月4日、12月5日召開二次「研商高級中學校長遴選聘任及任期考評辦法修正草案會議」，全國教師會皆派員全程出席會議，並提出具體意見。其中修正條文第八條第一項有關「﹍﹍但校長於最近三年內曾獲教育部核定頒發校長領導卓越獎，得視為辦學績效考評優良。」之文字，並未於會中討論，也未獲得與會人員同意。故建請教育部刪除，以符體制；若有條文需再修正，亦應再次召開會議，邀請各界代表討論。