自100學年度起，「學校推薦」將與「繁星計劃」合併為「繁星推薦」，因為制度轉換，原本可以藉由學校推薦管道上大學的學生，將被排除在外。
招聯會日前曾委託師大周愚文教授及成功大學董旭英教授，做「繁星計劃與學校推薦整合可行性之探討」專題研究，建議：（1）繁星計畫與學校推薦合併與不合併各有其優點與侷限，正反意見幾近各半，因此建議暫不宜立刻合併。（2）「繁星計畫」不能替代「學校推薦」的功能。顯見「繁星推薦」不宜太早實施。
目前的高一、高二學生入學時，即已認知繁星計畫及學校推薦為升學管道之一。「繁星推薦」直接從目前高中二年級的學生開始採行，未於學生入學前告知，不符信賴保護原則，影響學生權益至鉅。且並無醫學系名額，部分明星科系之名額亦減少，影響社區高中學生錄取之機會。
全國教師會認為繁星推薦計畫應有更完整的影響評估，包含(1)對學校教學之影響分析。(2)高中推薦資格、分發原則（含錄取比序）、學測檢定標準、錄取名額（含總量及高中端學校分配名額）等變革，應有更嚴謹之模擬評估分析。(3)計畫內容是否落實「照顧弱勢、區域平衡」。建議延緩實施繁星推薦計畫之年度，等配套措施完善之後再行實施，以維護目前高一、高二學生之權益。