民國 51 年（1962），馬祖中學校長董來燦，與駐守馬祖的美軍顧問團長肯寧漢姆中校熟悉，在其協助下，提供所有球員的球具、球衣，於民國 51年3月16日成立馬祖中學棒球隊。這隻球隊不但是馬祖有史以來第一支棒球隊，更比台東的紅葉少棒早了2年，其裝備之精良與先進，在台澎金馬地區亦屬罕見。

經一個多月訓練，同年5月13日，在馬祖中學操場舉辦一場對抗賽，由初二學生組成的「勇士」隊，出戰初一學生組成的「洋基」隊，將美國本土洋基與勇士的傳統大戰，拉到一萬英里以外的馬祖重演。比賽結果，初二勇士隊以12比11小勝初一洋基隊。

比賽當天嘉賓雲集，彭啟超指揮官親自開球，副指揮官、部隊長、祕書長等多人均出席，觀賞馬祖首次棒球比賽。賽後選出15名優秀選手，準備暑假赴台與美國學校及眷屬球隊比賽，後來因兩岸局勢緊張，未能成行。

民國94年，馬祖再次組成一支由鄭新勇先生擔任教練，介壽國中與中正國中合組的「馬祖青少棒聯隊」，參加嘉義舉行的第二屆全國軟式棒球錦標賽，距離馬祖初中的棒球對抗賽已有42年之久。

民國104年馬祖高中成立青棒隊，此後連年參加黑豹旗高中棒球聯賽，仍由鄭新勇先生擔任教練。民國107年，馬祖高中青棒隊經三個多小時的艱苦鏖戰，終於得到隊史首勝，以12比10戰勝淡水工商。