瓦硐南天廟前設置一座老式旗桿座，位置位於廟埕中央偏前方。此類旗桿座通常與旗桿成套使用，用以懸掛象徵性旗幟，例如廟宇主祀神明的號旗、祭典旗或廟會活動旗，為廟宇進行儀式、節慶活動或集會時的重要標示性設施。瓦硐南天廟目前僅存旗桿座本體，並無旗桿挺立。旗桿座呈單座形式，以傳統水泥粉刷與洗石子建造，基座階梯兩側以矮欄護圍，頂端設有兩根圓柱狀插槽，為早期懸桿固定所用。整體造型方正比例沉穩，屬於早期澎湖廟宇常見的旗桿座形式。

旗桿座在臺灣與澎湖廟宇文化中具有明確功能性，其作用並非裝飾，而是協助廟宇在舉行祭典、廟會、演戲、迎神賽會時樹立旗幟，以讓信眾或外村人遠距辨識活動地點。澎湖部分廟宇自清末至戰後初期即陸續設置旗桿座，造型多依在地匠師技法而異，但大多以水泥砌築、洗石子或簡易石材加工為主。瓦硐南天廟旗桿座的樣式與白沙鄉其他廟宇，如武聖廟前的單座旗桿座相似，皆為無華飾的實用型態。旗桿不存的情況可能與材質損耗、風災或廟宇整修有關，並非特例，在許多沿海廟宇均可見旗桿座留存而暫無旗桿的現象。

老式旗桿座的形式，可作為觀察地方建築工法與宗教空間布局的重要線索。瓦硐南天廟的旗桿座以方形基座與對稱階梯呈現早期澎湖廟宇常見的「階臺式」設計，其功能在於抬升旗桿基底，使旗幟在海風強烈的地區可更穩定飄揚，也利於視覺辨識。其兩柱插孔構造，反映早期木製旗桿普遍需要以雙柱固定的技術背景。旗桿座周圍的矮牆與踏階亦提醒今日研究者，廟埕空間過去具有更明確的儀式動線，例如迎神繞境或表演時的站位與佈置。此類旗桿座雖在今日已不再常見其原功能，但作為歷史建築構件仍保留的文化痕跡，有助於理解澎湖聚落宗教活動的空間呈現。