瓦硐基督長老教會位於白沙鄉瓦硐村武聖廟前廣場旁，現存建築為1969年重建落成的禮拜堂。建築造型外觀簡潔，入口立面為矩形量體，屋頂採斜面設計，帶有1960年代臺灣教會常見之現代化風格，內部仍保存早期禮拜堂家具，包括講臺、十字架、聖經架等。該建築在1982年白沙聯合教會成立後轉為閒置空間，近年開始整修活化。
瓦硐教會的起源可追溯至清光緒年間長老會對澎湖的宣教行動。1886年甘為霖牧師抵達澎湖，同年臺南教士會派黃深河與黃能傑前往澎湖傳道，成為澎湖長老教會宣教之始。1887年黃深河於赤崁開拓「頂山教會」，為瓦硐教會的前身。教會歷經赤崁、講美等地遷移，最後於1890年代移至瓦硐，先後借陳源春與許漢敦住處作禮拜。1906年聚會場所再移至許糧住家，並由南部中會派陳春和為首任駐瓦硐傳道師。1911年，教會在許宋碉獻地後建成瓦硐禮拜堂並正式更名。日治時期，瓦硐為澎湖五處聚會所之一，信徒數雖有限，但在宣道會協助下逐步建立教會基礎。瓦硐教會亦與重要宗教人物黃武東牧師具有密切關聯。黃武東於1930年至1932年間任駐瓦硐傳道師，期間從事砂眼治療、傳道及建造宿舍等工作，並於此誕下其長女黃西香。黃武東日後成為臺灣基督長老教會總會第一任議長，是臺灣基督教史上重要人物。
瓦硐基督長老教會與武聖廟比鄰而立，呈現地方宗教地景中多元信仰並存的狀況。基督宗教禮拜堂與傳統民間信仰廟宇在空間上相互毗鄰，反映出白沙鄉聚落內宗教互動的和諧與包容。禮拜堂雖於1980年代後使用減少，但其建築與歷史脈絡保存了澎湖基督教傳入、地方聚落宗教生活變遷與跨宗教鄰近共存的文化資訊。近年活化利用的推動，使禮拜堂有機會重新成為社區公共空間的一部分，也提供澎湖宗教史研究與文化資產保存之重要線索。
