赤崁碼頭位於澎湖縣白沙鄉赤崁村，是往返北海各離島的重要交通節點，其中以通往吉貝嶼的航線最為頻繁。碼頭現行交通型態同時包含公部門營運的固定班次交通船，以及旅遊旺季由民間業者提供的高速快艇服務，形成公、民營並行的航運系統。港區設有浮動碼頭，引橋與平臺可隨潮汐升降，使不同船型在高潮、低潮時皆能安全靠泊，確保旅客與居民上下船的穩定性。

赤崁長期為白沙鄉通往北海離島的主要門戶，早期即為吉貝、險礁嶼、目斗嶼等航線的出發點。隨著北海旅遊興起，傳統固定式碼頭因潮差大、上下船不便，逐步由浮動碼頭取代，提升港口作業效率與安全性。在航運服務上，過去赤崁-吉貝航線以民營快艇為主，特別是在1990年代末至2000年代初吉貝觀光高峰期，快艇以航程短、班次彈性，成為大量旅客往返的重要工具。然而淡季航班不穩、天候影響大，也讓居民在通勤與民生運輸上承受風險。為改善離島基本交通，白沙鄉公所推動公辦民營交通船「白沙之星二號」，於2024年投入營運，提供固定航班、優先保障居民乘船，並兼具物資運送與緊急醫療後送功能，使赤崁—吉貝航線首次具備穩定的公共運輸基礎。

赤崁碼頭的公民營航運並行，反映離島交通在「公共服務」與「觀光市場」之間的結構平衡。公營交通船以全年運作為目標，承擔居民日常通勤、物資補給與緊急應變的基礎功能；民營快艇則在旅遊旺季發揮高彈性與高運量優勢，快速消化遊客人潮。兩者透過浮動碼頭這一關鍵設施共用港區空間，形成互補而非取代的關係。從更宏觀的角度看，赤崁碼頭的轉變顯示北海航運逐漸由單一觀光導向，轉為兼顧生活需求與旅遊服務的複合型交通節點。浮動碼頭、公營船班與季節性快艇的組合，使赤崁不僅是「去吉貝的碼頭」，也是觀察澎湖離島交通如何在氣候限制、人口結構與觀光變化中持續調整的重要案例。