澎湖跨海大橋在西側靠近通梁村的位置設置兩座弧形開口，作為小型船隻往返外海的通道。這兩個孔洞為第二代跨海大橋於1996年改建時所增設，主要供通梁漁港的小型漁船與作業舟艇進出使用。通道採混凝土拱形結構，內部限高2.5公尺，並於橋面上設置標示，以提醒船隻掌握通行限制。由於位置周邊水流快速且具有潮差變化特性，通道的設置需兼顧水力環境與結構安全。

1980年代後，通梁近海漁業逐漸穩定發展，加上第二代大橋改建時採更完整的海堤與橋面工程，相關單位遂於橋西側安排兩座固定孔洞，作為便捷的小型船隻通路。此舉提升漁港作業效率，也降低船隻在強流環境中滯留的風險。通道的限高設置反映當地港灣使用的船型規模，顯示工程在結構安全與地方作業需求間取得平衡。

跨海大橋底部的船隻通道常被視為「輔助性設施」，但其反映的其實是澎湖沿海漁港運作、海流地形條件與大型公共工程協調下的產物。吼門海域為澎湖灣與外海之間的重要水口，潮流快速、斷面變化劇烈，若全橋封閉將迫使船隻繞向較遠的淺水區或外海，增加風險。第二代大橋的交通孔洞，使通梁漁港能維持小型船隊的日常出入，又不影響橋體抗風壓、抗流能力，顯示工程規劃中對地形、潮流與產業需求的細緻回應。此處雖非一般旅遊景點，但其存在使跨海大橋不僅是交通路廊，也是地方海洋利用方式與工程調適歷史的一部分，值得透過解說牌或導覽資訊加以呈現。