潟湖是由離岸沙洲部分封閉海域而形成的半封閉性水體，雖與外海相隔，仍維持水體交換與潮汐流通。吉貝潟湖的形成，主要源自海流、潮汐與季風共同作用下，海砂與珊瑚碎屑沿岸搬運與堆積的自然過程。在吉貝島，近年來北崁西北端的沙洲持續延伸與增厚，地形逐漸包圍部分海域，形成明顯的潟湖型態。根據地質調查與航照影像比對，有研究指出該區沙洲增生使吉貝島整體面積擴大約4%至5%。吉貝島的主要地貌本身即為海積地形，沙尾與沙嘴是漂砂與潮流堆積的產物，而潟湖則是這些沙洲進一步圍合海水後所形成的演化階段，顯示島嶼在風、浪與潮流作用下的動態生成過程。

根據官方調查資料，吉貝潟湖的形成屬於近代海岸地貌演變之一，約在近數十年間因漂砂封閉作用逐步顯現。沙嘴的發展與潮口縮減，使得潟湖水體交換速率降低，進而改變局部沉積環境。近岸可見潮間帶藻類群聚與貝類棲息現象，顯示潟湖生態功能逐漸建立。此地地形變遷同時受到人工設施影響，例如南側防波堤與漁港建設改變了沿岸流分布，使潟湖的穩定性在不同季節間略有差異。這些現象可視為島嶼環境在自然與人為交互作用下的典型案例。

從地貌與管理角度觀察，吉貝潟湖尚未納入特定保護區範圍，但已列入澎湖縣遊憩廊帶整體改善計畫調查區域，現行以自然形成景觀為主，未設置固定棧道或大型構造物。此一狀況有助維持潟湖原始水文條件，但亦增加管理上的難度，例如潮間活動與遊客踩踏對沉積層的干擾。未來若推動生態導覽或教育利用，應依「低干擾設計」與「可回復設施」原則，結合社區共同維護模式，以監測漂砂變化與水質穩定度。潟湖的存在，不僅反映吉貝海岸動態平衡的自然過程，也提供後續觀光與生態研究的重要基礎資料來源。