後寮威靈宮主祀 保生大帝，供奉「吳真人、許真人、孫真人」三尊醫神像，並以臉色區分：吳真人與許真人為粉面，孫真人則為金面，象徵不同的神格角色與醫療庇佑力量。除主祀外，宮內陪祀神明眾多，包括：蔣府王爺、大太子、清水祖師、朱府王爺、李府王爺、范府王爺、池府王爺、王公、王娘、福德正神、哪吒太子、中壇元帥（太子爺）、文昌帝君、太歲星君、虎爺公 等。這樣的神祇結構，既保有醫藥守護的核心信仰，也涵蓋陰陽調和、土地庇佑、教育考試、驅邪鎮煞與護衛安寧的多重面向。威靈宮因此形成一座「多神同祀」的地方信仰場域，對應村民日常生活的全方位需求。

威靈宮的神祇配置，展現澎湖聚落宗教的多層次特色。主祀的保生大帝回應了澎湖人對健康與醫藥的渴望，而眾多陪祀神則分別承擔不同的保護角色：王公王娘象徵陰陽平衡與地方守護；福德正神庇佑農耕、家宅與財福；文昌帝君則與求學與仕途有關；哪吒太子與中壇元帥代表驅邪與守護的力量；太歲星君則與流年平安息息相關；虎爺公則作為神明的坐騎與護法，常被視為能保小孩健康、嚇退妖邪的神靈。這樣的多元性，說明澎湖居民在海島環境中，將生活的各種挑戰與不安，透過信仰建構出一張「保護網」，讓日常與神聖相互連結。

從歷史脈絡來看，後寮威靈宮的神祇多來自閩南、泉州、漳州與金門的移民信仰，經過地方化後，逐漸形成白沙鄉獨特的廟宇風貌。保生大帝作為醫療守護核心，與王爺、清水祖師、福德正神等地方神祇共同形成兼具醫療、航海與土地庇護的信仰結構。此配置呼應澎湖居民以海為生、依廟為安的生活脈絡，也顯示聚落在宗教分工與社會互助中的制度化特徵，使威靈宮成為連結醫療信仰與地方治理的宗教中心。