後寮威靈宮廟前立有一對紅色旗竿，是宮廟的重要象徵與視覺焦點。根據地方耆老口述，旗竿設置可追溯至清代，象徵保生大帝的神威與神域的界線。然而，旗竿在歷史上多次遭受損毀；於日治時期曾一度被破壞，直到臺灣光復後，後寮村民於長岸尾舊碼頭發現兩根長達七、八十臺尺的巨木，遂捐贈威靈宮作為旗竿重新豎立。其後三十年間，旗竿屹立未搖，直至某次廟方因油漆剝落而雇工粉刷，據傳朱府千歲降駕示警，翌日旗竿果然自行倒塌，所幸無人傷亡。此事在村內廣為流傳，成為地方信仰經驗的重要一頁。

事件發生後，村民經集體商議，決定再次重立旗竿。1986年地方仕紳方榮一、鄭玉恆等人共同赴臺購得阿里山紅檜，於農曆三月十二日正式豎立完成。紅檜質地堅韌、耐鹽風，為傳統上象徵堅定與長久的建材。新立旗竿通體漆紅，與廟貌屋脊的剪黏、彩繪相互映襯，成為後寮聚落空間中最具辨識度的宗教地標。此後每逢神誕與遶境，旗幟高懸、鼓樂齊鳴，象徵神明威靈遠播、庇佑村落平安。

威靈宮旗竿的多次重立，反映澎湖地方信仰中「旗制」傳統的延續與社群合作機制的運作。旗竿不僅標示廟宇神域範圍，也作為遶境與進香活動的定位與集結指標。其重建過程需動員村民籌資、採料與匠作協力，展現地方宗教組織與社會網絡的緊密結合。1980年代以阿里山紅檜重立旗竿的行動，更象徵地方信仰物質文化的現代化轉型，展現後寮村民在工藝技術、宗教制度與集體行動間的延續與調適。威靈宮的旗竿因此不僅是宗教象徵，更是地方社群自我組織與文化再生的重要實例。