吉貝武聖殿除主祀文衡聖帝與五虎將外，亦供奉三國名臣諸葛武侯。相傳早期廟方考慮龍邊神座長年空缺，於20世紀後期經擲筊請示後，由主神裁示迎請諸葛亮坐鎮，成為廟內「文智之神」象徵。地方耆老指出，武聖殿早年即有一尊袖珍的諸葛孔明像，相傳漂至吉貝沿岸，被廟中神轎迎回供奉。此尊神像僅高三、四吋，雕工精細，被認為「能化解財困、助人得利」。由於靈驗傳說流傳，曾多次被信徒私自「請回」家中供奉，後又悄悄歸還。廟方因頻繁失竊而煩惱，最後決定將神像安置於主神神袍袖內，使其「仍在殿中庇佑眾生」。這段趣聞成為村民津津樂道的地方故事。

諸葛武侯在中國歷史中象徵智慧與忠誠，其形象延伸至民間信仰，常被視為「理性與遠見」的化身。吉貝武聖殿將諸葛亮納入祭祀體系，使原本以「武德」為核心的關帝信仰增添了「智略」的層次，反映島嶼社會對生存策略與人文精神的雙重追求。「神像被請回又歸還」的故事，顯示了吉貝居民與神明間的親密關係。信徒相信，神靈不僅存在於廟宇，也可隨人同行、護佑日常生活。

從民俗角度觀察，諸葛武侯信仰的融入，使吉貝武聖殿形成「文武並祀」的格局。神像漂至沿岸、再被迎入殿中的傳說，反映地方對智慧與庇佑力量的雙重需求。這類故事兼具象徵與教育意涵，顯示信仰如何透過物件與敘事延續，成為社群文化的連結媒介。