吉貝石滬文化館於2004年由民間團體「澎湖采風文化學會」倡議設立，初期借用澎湖國家風景區管理處吉貝遊客中心會議室空間，並向行政院文化建設委員會申請為地方文化館。展示以「石滬文化」為主題，內容涵蓋巡滬人模型、石滬意象裝置藝術、漁具實物、研究著作、漁獲燈箱及石滬文化短片等。自2005年起，林文鎮老師團隊協助營運，推動以石滬景觀維護為核心的「海域學習」理念，形成結合展示與實作的生態博物館模式。2007年起，由「吉貝保滬隊」志工組成的「澎湖海洋文化協會」接手運作，與澎湖國家風景區管理處簽署合作備忘錄，共同推廣石滬文化。2014年起再度獲文化部「磐石行動--地方文化館計畫」支持，並取得行政院環保署「環境教育設施場所」認證，設計石滬文化課程與體驗活動，使吉貝成為結合教育、文化與生態旅遊的地方典範。

吉貝石滬文化館的誕生，是澎湖地方文化由民間自發轉為制度化保存的重要案例。其從「社區文化館」發展為「環境教育基地」，展現了文化保存、自然保育與觀光推廣之間的融合。不同於多數由政府主導的館舍，吉貝石滬文化館的核心精神在於「地方共治」--由村民組成的保滬隊與學界共同營運，使傳統技藝、宗教信仰與環境倫理得以以活態形式延續。這種從「生活現場出發」的文化作為，不僅保存了石滬，更讓它成為教育、旅遊與永續理念交匯的場所。

吉貝石滬文化館的成立，標誌著地方文化治理從「保存物件」走向「維護知識系統」的轉型。其營運結構結合社區參與、專業協作與制度支持，形成地方文化館運作的新模式。透過展示與體驗課程的結合，館舍不僅保存了石滬技藝，也落實了「環境即教室」的理念；這種模式同時呈現地方對自身文化的解讀與再生，也說明澎湖在地文化如何在制度安排下持續發展，而非僅被封存。