圖為東部地區七個茶區的表土樣本。
花東兩縣地處變質作用劇烈的地區，故地質作用較多且複雜，造成土壤生成母質較為複雜且分佈零亂。曾有學者及臺灣省農林廳山地農牧局部針對花東兩地農地與山地進行調查指出，臺灣東部土壤之生成，主要受母質、地形及時間影響。海岸山脈其火成物質分布廣，大部分色系較暗至黑色，且土壤質地較細，而其沖積及崩積地的土壤性質也有此情況；此外，瑞穗舞鶴茶區為中央山脈與海岸山脈之沖積物,經河流襲奪兼地殼上昇或地殼上昇所形成紅土礫石台地，而鹿野及初鹿亦有此土壤，但面積較少。
花東茶區土壤營養經調查結果顯示，中央山脈茶區(太麻里及利稻)土壤肥力並不缺乏；縱谷茶區(卑南、鹿野及瑞穗)土壤則呈現偏酸性，土壤有效性磷含量尚屬豐富，有機質含量、有效性鉀及鎂含量較缺乏；海岸山脈茶區(六十石山及赤科山)底土有效性磷含量稍缺乏，有效性鈣及鎂含量豐富。
