茶樹受限於自交不親和性及幼苗至成熟植株需要多年時間培育評估，以選拔優良單株，故育成茶樹新品種通常需要超過20年以上。遺傳圖譜是遺傳育種研究的重要工具，本研究利用兩個經濟栽培品種（臺茶19號及臺茶8號）的F1雜交後裔建構整合雌親與雄親之茶樹遺傳圖譜。
在篩選得到574個SSR、CAPS、AFLP、ISSR及RAPD等多型性分子標誌中， 69個為高度偏差分離之多型性分子標誌（P < 0.001）（12.0%）未加入後續分析。而在參與建構圖譜的505個分子標誌，包含265個來自雄親（52.5%）、163個來自雌親（32.3%）、65個來自雙親的異接合顯性標誌（12.9%），及12個共顯性標誌（2.4%），其中共顯性標誌及來自雙親的異接合顯性標誌扮演連接雄親與雌親圖譜的橋樑基因座。
最終的遺傳圖譜是由367個連鎖標誌包含36個SSR標誌、3個CAPS標誌、1個STS標誌、250個AFLP標誌、13個ISSR標誌及64個RAPD標誌所建構出18個連鎖群，圖譜總長為4482.9 cM，圖譜密度為12.2 cM。本研究建構的圖譜是目前基因體覆蓋率最高之茶樹的遺傳圖譜，可應用於比較定位研究、數量性狀基因座定位及分子標誌輔助選種。
