茶樹（Camellia sinensis）是臺灣重要高經濟作物，為了開發穩定、快速而可靠的品種鑑定方法，並探討臺灣茶樹種原的遺傳歧異度，本研究由茶樹胞質基因體及EST序列開發設計2組STS分子標誌及37組CAPS分子標誌，結果顯示選用其中粒線體M02、葉綠體C02、核內G01、G03及G04等5個核心分子標誌，足以鑑別12個臺灣主要茶樹栽培品種。
根據遺傳歧異度分析、主成分向量分析及群聚分析在55個臺灣茶樹種原的分析結果，顯示臺灣原生的野生茶樹（C. formosensis）與一般栽培種茶樹（C. sinensis）仍存有高度的遺傳歧異度，但不同區域的野生茶樹種原間之遺傳歧異度偏低。
在臺灣栽培面積最大的三大栽培品種中，青心烏龍及四季春的血緣接近，且新育成品種多具有青心烏龍的血統，因此，擴大臺灣茶樹栽培品種的遺傳歧異性，將是未來臺灣茶樹育種的重要方向。
