胡智益碩士論文第三部份主題為「利用葉綠體及粒線體分子標誌分析茶樹種原之遺傳變異」，在葉綠體序列分析方面，5組通用引子中，4組具有擴增產物，在總分析長度為4415 bp中，共得到23個序列變異區域，包含17個單一核苷酸變異（SNPs）及6個核苷酸插入或缺失（Indels），總變異長度為47 bp，可知品種間葉綠體DNA序列變異以SNP為主。 在15個茶樹種原比較下，變異發生率為1.06％，顯示葉綠體DNA序列變異可利用於品種鑑別及母本來源追蹤。

       在粒線體序列分析方面， 8組通用引子中，6組引子具有擴增產物，在總分析長度為7164 bp時，共得到24個序列變異區域，其中包含9個SNPs及15個Indels，總變異長度為87 bp，可知品種間粒線體DNA序列變異以Indel為主。在15個茶樹種原比較下，序列變異發生率為1.21％，與葉綠體之變異程度相近。

       利用葉綠體及粒線體序列分析所產生的群聚關係結果類似，皆可大致區分成三大群，唯台灣山茶的分群結果略有差異。根據胞器序列分析的結果，緬甸是台茶18號的母本，但此次結果卻說明台茶18號的胞器序列比較類似Shan而非緬甸。結合葉部性狀、ISSR分析及胞器序列分析，說明香櫞、香耳及皋盧極有可能屬於小葉變種，其葉面積可能是因三者皆為多倍體植株所造成；此外，赤芽山茶類應與茶樹不同之物種。