胡智益碩士論文第二部份主題為「利用ISSR分子標誌分析茶樹種原之遺傳變異」，由100個ISSR引子篩選得到12條引子，共可產生67個訊號較強且具有明顯再現性的多型性條帶。

       此外，利用這些分子標誌建立133個茶樹種原之DNA指紋資料，並評估其遺傳歧異性，依據UPGMA進行群聚分析，可將所有茶樹種原區分成六大群，包括油茶群、赤芽山茶群、野生茶樹群、大葉變種與小葉變種混合群、大葉、小葉及大葉、小葉雜交種混合群及小葉變種群，並發現香櫞與香耳、大南灣白毛猴與黑毛猴、青心烏龍與烏金、早種與黑面早種、白葉與大冇、枝蘭與文山枝蘭及七堵白種與楓子林等具有極高之分子標誌相似性。

       在主成分向量分析方面，顯現的結果與利用群聚分析得到的親緣關係樹狀圖結果相符合。此外，ISSR分析說明台灣茶樹種原間仍存在相當大的遺傳歧異度（58%），但總遺傳歧異度雖大，高比例的遺傳歧異度是由台灣的野生茶樹所貢獻，重要品種間的相似性極高。針對台灣栽培面積較大的22個茶樹種原及3個新品種的ISSR DNA指紋資料可由3個引子（818、864及866）中的10個分子標誌得到有效鑑別。